Pengagihan slot berikut untuk AFC Cup 2012 telah diluluskan oleh AFC pada bulan November 2011: [4][5]

• A Berbeza daripada musim-musim yang lalu di mana pasukan yang tewas di dalam pusingan separuh akhir play-off kelayakan Liga Juara-Juara AFC, dari 2012 hanya pasukan akhir play-off Liga Juara-Juara akan memasuki Piala AFC.[4]
• B Kuwait mempunyai tiga pasukan yang masuk dimana Al-Kuwait, naib juara Piala AFC 2011 gagal memenuhi kriteria yag ditetapkan oleh AFC untuk bertanding di dalam Liga Juara-Juara AFC 2012, oleh itu secara terus menyertai Piala AFC 2012.[4]
• C Bahrain, walaupun layak memasuki Piala AFC, memilih untuk tidak meyertai pertandingan AFC 2012.[4]
• D Indonesia hanya mempunyai satu pasukan kerana juara liga mereka akan memasuki kelayakan play-off Liga Juara-Juara AFC 2012.[4]
• E Malaysia akan kembali ke pertandingan itu, selepas tidak melibatkan diri pada tahun 2011.[6]
• F Myanmar telah memohon kenaikan taraf daripada Piala Presiden AFC ke Piala AFC,[7] dan ianya telah dipersetujui oleh AFC pada bulan November 2011,[4] dan akan memberikan penampilan mereka di dalam pertandingan tersebut.[5]

Empat ahli gabungan (Yaman, Malaysia, Maldives, Myanmar) dengan mata terendah merujuk kepada sistem penilaian AFC mempunyai satu pasukan memasuki peringkat kumpulan dan satu pasukan memasuki play-off.[4]